江戸時代のなか頃に、木曽のまわりの山で木こりたちが、木の切れ端にご飯をにぎりつけて焚き火で焼き、みそをつけて食べたのが始まりと言われています。そのうち、山の仕事の安全や成功を祈って神に捧げるようになり、新米がとれた収穫祝いや祭りの場でも食べられるようになりました。形が神に捧げる御幣（ごへい）に似ていたことから、五平もちと言う名前がついたと言われています。また、五平と言う人が作って食べたのが始まりと言う説もあります。